Представляю вашему вниманию очень удобную и крутую утилиту для проверки занятой квоты на сервере — Ncdu.
Она предназначена для определения размера файлов и каталогов и в разы удобней стандартной утилиты du.
Установить можем очень просто, для Ubuntu/Debian:
apt-get install ncdu
Установка в RedHat подобных системах (возможно для начала придется установить EPEL репозитарий):
yum install ncdu

После установки запускаем следующим образом:
ncdu /
После вычисления вы увидите иерархический список директорий, начиная с самого большого размера. Перемещаемся по директориям с помощью кнопки Enter, именно её нажимаем для входа в нужную нам папку.

Бывают ситуации, когда нужно массово установить определенные CHMOD сразу на все папки или файлы. Сделать это достаточно просто через SSH с помощью таких команд:
здесь установим права 755 для всех папок в выбранной директории:
find . -type d -print0 | xargs -0 chmod 0755
а вот этой командой установим права 644 для всех файлов в выбранной директории:
find . -type f -print0 | xargs -0 chmod 0644

Часто бывает так, что нам нужно выявить какие процессы пожирают больше всего оперативной памяти. Конечно это можно сделать с помощью той же команды top, но можем порекомендовать команду, которая выводит данную информацию в более удобном виде. Итак, записывайте или добавляйте страницу в закладки 😉
ps axo rss,comm,pid | awk '{ proc_list[$2]++; proc_list[$2 "," 1] += $1; } \
END { for (proc in proc_list) { printf("%d\t%s\n", \
proc_list[proc "," 1],proc); }}' | sort -n | tail -n 10 | sort -rn | awk '{$1/=1024;printf "%.0fMB\t",$1}{print $2}'

Эту небольшую заметку решили сделать для того, что бы вы в любой момент могли найти команду для быстрой проверки, восстановления и оптимизации всех MySQL баз. Естественно она актуальная только если у вас есть root-доступ к вашему виртуальному или выделенному серверу и вы знаете root пароль  от сервиса MySQL. Не забывайте это действие время от времени повторять, особенно если были внеплановые перезагрузки сервера, допустим при его зависанию.

 
mysqlcheck -u root -p --auto-repair --optimize --all-databases